Бярэзінскі біясферны запаведнік з'яўляецца таксама асаблівай гідраграфічнай тэрыторыяй: тут праходзіць водападзел басейнаў двух мораў – Балтыйскага і Чорнага, а ў мясцовых балотах бярэ выток самая доўгая рака, на ўсім цячэнні размешчаная ў Беларусі, адзін з найбуйнейшых прытокаў Дняпра – Бярэзіна, якая і дала назву запаведніку

Гідраграфічная сетка рэзервата аб'ядноўвае 69 рэк (іх агульная даўжыня 280 км) і мноства ручаёў, якія злучаюць люстраныя паверхні 7 азёр:

-Палік (самы вялікі, 712 га),
-Альшыца,
-Плаўна,
-Манец,
-Домжарыцкае,
-Масковіца,
-Пастрэжскае.